第二研究室致力于生物质资源高效转化为清洁替代型燃料领域创新技术的研究和开发工作,以创新性技术开发为核心，把握学科前沿，着重于基础应用研究、工艺开发、技术集成和工程示范的有机结合，积极推进生物质能技术和产业的发展，为可再生能源的开发利用和国家能源安全提供重要的知识积累和技术支撑。

    目前主要从事生物质氢能、成型燃料、微生物油脂和生物柴油等方向的研究与开发，构建了以热化学转化和生物转化为主的研发平台，形成了功能较为完备的实验室，配备了先进的实验仪器和设备，承担了国家863、973、自然科学基金以及山东省、山东省科学院研究课题多项，形成了一批先进水平的技术成果。目前有员工11人，其中研究员1人，博士3人。在山东省科学院中试基地实验室有制氢实验台，在能源所有生物柴油实验室、燃料电池实验室。